Le PER prend en compte cinq grands champs de Capacités transversales qui concernent l'ensemble des domaines de formation. Ce choix définit les contours de diverses aptitudes fondamentales, lesquelles traversent à la fois les domaines d'apprentissage et l'ensemble de la scolarité. L'enseignant est appelé à favoriser le plus souvent possible des mises en situation permettant à chaque élève d'exercer et d'élargir ces cinq Capacités transversales:
